Aus Alltagsware, ja Massenware, wie Geschenkpapier, fertigt er wahre Kunstwerke, Papiercollagen, die an OP-Art erinnern. Durch die Zerstückelung des Papiers und dessen spätere rapportartige Neustrukturierung erzeugt Kübler eine irritierende Bildwirkung, die beim Betrachten Flimmereffekte und optische Täuschungen hervorruft.
Auch beim Malen seiner Bilder hat Stefan Kübler eine ganz besondere Technik entwickelt. Er malt mit Acrylfarben hinter Glas und zieht das Ergebnis auf die Leinwand ab. Dieses spezielle Verfahren bewirkt, dass die Arbeit eine faszinierend glatte, versiegelte Oberfläche aufweist.
Stefan Kübler arbeitet gerne auch vor Ort, so wie im Fürstengarten in Hechingen für das Projekt Kunsthaus. In diesem Zusammenhang ist auch der Zyklus „Blattwerke“ entstanden, wo der Maler die komplette Klaviatur der Grüntöne zum Klingen bringt. Durch Unschärfe und Verwischungen entsteht Rätselhaftes, Geheimnisvolles.
Einen Schritt weiter in die Abstraktion gehen Küblers lineare Arbeiten. Erinnerungen an musikalische Kompositionen, an Intervalle und Takte drängen sich auf. Synästhetische Phänomene, sehen und hören zugleich, werden evoziert.
Stefan Kübler ist zudem ein äußerst gefragter Auftragsmaler von technischen und historischen Dokumentationen für Museen, wie z. B. eine 3x6 m große Zeichnung für das Museum Industriekultur in Nürnberg. Allen seinen Werken gemeinsam ist der hohe Grad an Perfektion.